Nell’anno 1543 il 10 maggio, mentre si celebrava la festa della traslazione di S. Cristina, gloriosa Patrona della Città di Palermo, con la Fiera nel Piano della Marina, la Beatissima Vergine, dipinta su un muro, diede inizio a grandi prodigi.
Uno storpio che chiedeva l’elemosina ai passanti, piangendo e invocando il soccorso della Regina del cielo ai piedi dell’Immagine, chiamata “ della Grazia di Costantinopoli “, si addormentò. Svegliatosi cominciò a gridare e saltare per la gioia, poiché era stato risanato. Divulgatosi subito il miracolo, uno stuolo di ammalati fu condotto in quel luogo:
i ciechi riebbero la vista e i muti la parola; gli storpi camminarono, i naviganti nei pericoli furono condotti a porto sicuro. Fu grande il concorso del popolo che con abbondanti elemosine si fabbricò la chiesa a cui fu dato il nome di Madonna dei Miracoli.
La prima pietra fu posta dal Viceré Giovanni di Vega.
Un gentiluomo ( ! ) non voleva che le fabbriche continuassero perché occupavano l’area della sua casa; imprecando contro i muratori perché si fermassero, nello stesso momento crollò un muro della stalla, seppellendo un servo e un cavallo.
Resosi conto della sua temerarietà, inginocchiatosi ai piedi della Vergine.
Le chiese perdono, esortò a continuare l’opera iniziata e dotò la chiesa di larghe elemosine. La costruzione è a croce greca, con grande slancio verticale.
Il Senato vi fondò una Confraternita e nel 1599 fu concessa ad una Congregazione di preti; nel 1629 i Padri Conventuali vi stabilirono il noviziato.
Nel 1748 fu dismesso un portico posto davanti alla facciata; sul fianco settentrionale ne esiste un altro, utilizzato come chiesa di S. Apollonia e come magazzino dal 1700.
L’immagine antica della Madonna dei miracoli, consumata dal tempo,fu sostituita da una copia su tela. Le pareti furono ricoperte da tabelle votive che raffiguravano i vari miracoli ottenuti dall’intercessione della Madonna, ma per abbellire o tinteggiare le pareti del tempio esse andarono disperse.
Chiusa dopo i bombardamenti della 2^ Guerra Mondiale, è stata riaperta al culto nel 1970. Vi ha sede una Comunità Neocatecumenale.