La chiesetta è forse la più antica testimonianza dell'arte normanna a Palermo. Tradizione vuole che essa sia stata fondata nel 1071, quando i Normanni cingevano d’assedio la città. Dopo aver conquistato il castello “Yahia” - di cui restano solo tracce nel pavimento della chiesa - i Normanni avrebbero edificato la chiesa stessa, dedicandola a S. Giovanni a conquista avvenuta. In ogni caso, la chiesa ebbe una vita movimentata: dapprima ospitò un ospedale militare, poi un lebbrosario; nel periodo barocco fu ricoperta di stucchi, tanto da perdere l’aspetto originario. All’inizio del Novecento fu recuperata e fu costruito il campanile.
Nel suo insieme, l’edificio presenta i caratteri di un’architettura di transizione tra la Contea ed il Regno. L'esterno è semplice e privo di decorazioni, salvo quelli alle finestre che sembrano intarsiate. L'ingresso è preceduto da un piccolo porticato, che consiste di una sola colonna, su cui si regge il campanile: quest’ultimo si fregia di una cupola rossa sullo stile di quelle - più note - di San Giovanni degli Eremiti. L'interno ha forma basilicale tripartita da pilastri con copertura lignea e presbiterio cupolato: esso si presenta spoglio e ben illuminato dalle finestre laterali, monofore, leggermente ogivali come anche gli archi interni. Vi si può ammirare un bel crocifisso ligneo dipinto, che risale al Quattrocento.