La Chiesa sorge di fronte al luogo ove si trovava la precedente modesta costruzione, su progetto del converso della Compagnia di Gesù Angelo Italia. Vi sorgeva accanto ( fino al 1960 ca. la Casa di Terza Probazione dell’Ordine ).
I lavori per l’edificazione durarono dal 1684 al 1710. Fu consacrata dal Vescovo di Mazara Bartolomeo Castelli il 24 Novembre 1711.
Ha pianta a croce greca, con sei cappelle e il Presbiterio; dedicata a San Francesco Saverio ( 1506-1552 ) missionario in India, presenta il prospetto con la parte centrale più elevata ed un campanile.
La cupola ha un profilo molto elegante; le cupolette angolari sono coperte da una sfera.
Sul timpano un cartiglio inneggia al Santo come Luce delle Genti. Gli affreschi dei pennacchi rappresentano episodi della vita del Santo, cui è dedicato l’altare di destra, con decorazioni in marmi mischi opera dei Fratelli Pennino e i puttini di Vincenzo Vitagliano, contrapposto a quello di sinistra dedicato a S. Ignazio di Loyola, Fondatore dell’Ordine.
Le Cappelle minori sono dedicate a S. Rosalia, alla Sacra Famiglia, a S. Calcedonio martire, al SS. Crocifisso. L’altare maggiore, eseguito da Marino Tarsia nel 1735 presenta la gloria dell’Agnello e i simboli dei 4 Evangelisti. Vi è esposta la pala dell’Annunciazione della Vergine.
Nella Chiesa si venera la statua lignea di San Michele Arcangelo del trapanese Antonio Rallo (1684) e dell’Addolorata della Chiesa delle Balate, detta degli Algoziri o Sbirri.
Dal 1993 la Via “ Gloriae Crucis “, opera di 15 artisti contemporanei italiani e stranieri , arricchisce le pareti.