Durante il Medio Evo la superficie dell’attuale (Kmq 3,13) era inglobata nel territorio de casale di Tremestieri. Nel 1444 una colata lavica, minacciava di distruggere gran parte dell’area sud-orientale dell’Etna. Sia la popolazione che le autorità civiche, chiesero al Vescovo Giovanni De Pescibus di fare una processione col Velo di Sant’Agata. Il territorio di Sant’Agata li Battiati, dopo la colata lavica del 1444, non è mai stato direttamente interessato da altri eventi vulcanici, mentre dopo il terremoto del 1693 la ricostruzione di Sant’Agata li Battiati fu lenta. Nel diciottesimo secolo il centro contava circa 400 abitanti, cinque chiese e quattro sacerdoti. Nella seconda metà del ‘700 divenne "Terra gentilizia". E qui, alle falde dell’Etna, vi trascorrevano la villeggiatura marchesi, baroni, rncipi, cardinali e famiglie nobili. Infatti, risalgono a quell’epoca, in buona parte, tutte le ville patrizie. Villa Anna divenne il quartier generale delle truppe alleate. Le azioni vandaliche della soldataglia produssero enormi danni al patrimonio artistico-culturale della villa. L’8 settembre del ’43, alla notizia che l’Italia aveva firmato, un folto gruppo di ragazzini in festa invase la navata della chiesetta di San Michele Arcangelo e suonò a distesa di campane per avvertire la cittadina. Al "Te Deum" di ringraziamento partecipò l’intera popolazione, osannante la Vergine del Rosario.