Il toponimo "Joannes de Puncta" viene fatto risalire alla conformazione geomorfica del territorio, probabilmente collegata alla colata lavica del 1444, fermatasi all’entrata del borgo, già all’epoca esistente. Reperti greco-romani testimoniano la presenza di popolazione in quel periodo. Era uno dei numerosi casali (agglomerati rurali) di Catania. Nel 1602 aveva 960 abitanti e nel 1636 scendeva a 942. Nel 1646 si rese comune autonomo da Catania in seguito all’acquisto fattone da Giovanni Andrea Massa, ma nel 1652 Catania la ricomprò insieme ad altri casali. Di lì a breve venne nuovamente alienato al Massa, il cui figlio ottenne il titolo di duca di S. Giovanni La Punta. Nel 1681 la sua popolazione era costituita da 1.082 anime. Venne raso al suolo dal terremoto del 1693, in cui si contarono fino a 15 morti. Nel 1737 aveva 1.297 abitanti e nel 1798 calava a 850. Nel periodo 1806-1831 registrò un aumento di popolazione pari al 60%, come attestano i riveli (censimenti) di quegli anni. San Giovanni la Punta divenne comune autonomo con la riforma borbonica del 1817, come da Regio Decreto n. 122. Nel 1831 vi fu aggregata la frazione di Trappeto. Oggi San Giovanni la Punta, data la vicinanza con Catania, gravita economicamente su di essa. Vi sono piccole fabbriche di materiali da costruzione, di bevande e aziende per la lavorazione di prodotti agricoli e zootecnici. Notevolissimo è il pendolarismo con Catania. Nella cittadina sono nati il celebre vulcanologo Giuseppe Recupero (1720-1778) autore di un libro intitolato "Storia naturale e generale dell'Etna" e insigne docente all'Università degli Studi di Catania e l'esperto linguista Gabriele Allegra (1907-1976) che per primo tradusse la Sacra Bibbia in lingua cinese e nonché autore di un Dizionario biblico sempre in lingua cinese.