Il castello, di cui ancora oggi si conservano i ruderi, sembra sia stato edificato in tale periodo e che sia stato fortificato dagli Angioini tra il 1266 e il 1289.
Nella seconda metà del secolo XVIII era signore di Saponara Domenico Alliota, principe di Villafranca.
Dal gennaio 1953 il comune viene ricostituito col nome di Saponara.