Fù Stefano Cottone, Mercante e banchiere tra i più importanti di Messina, a far costruire il castello nel 1590 come afferma un'epigrafe situata sul portale del bastione sud-est: " ... a difesa dalle incursioni da terra e dal mare, Stefano Cottone , IV signore di Bauso, eresse le mura dalle fondamenta nel 1590..." Le dimensioni e la fattura del palazzo dimostrano che l'edificio era solo una residenza secondaria dei Cottone i quali vi sostavano per curare i loro interessi sul territorio , mentre la fortificazione vera e propria serviva anche ai cittadini del borgo come rifugio nel caso di attacchi da parte di corsari barbareschi a quell' epoca presenti nell'isola a quel tempo. La struttura, che vediamo oggi dimostra che il castello fù realizzato in fasi costruttive successive: prima la cinta muraria bastionata che si sviluppa su livelli differenti adattandosi alla morfologia della collina, poi il palazzo vero e proprio al centro del recinto fortificato.Estintasi con il Principe carlo la famiglia Cottone, tutti i beni furono acquistati nel 1819 dalla famiglia Pettini, i quali curiosamente mantennero gli stemmi gentilizi dei loro predecessori limitandosi a sostituire il motto "POTENTIOR", dei Cottone, il loro motto "NE PEREAT".
Con L'avvento dei nuovi proprietari, il Castello conobbe nuova vita e divenne il simbolo di una famiglia che amava mostrare la propria ricchezza e nobiltà, i pettini arricchirono l'edificio di rilievi marmorei e busti con i ritratti degli antenati. Si deve a loro anche la creazione intorno al castello di uno splendido giardino ormai praticamente scomparso.
Il declino del castello iniziò nel 1860, quando un gruppo di facinorosi organizzò l'assalto e il saccheggio del palazzo baronale appiccando un disastroso incendio e proseguì nel 1863 quando un'alluvione ne danneggiò il giardino.L'ultimo proprietario del Castello fù il notaio Saja, che ne fece dono allo Stato nel 1926.