Il porto rifugio di Pignataro è costituito da un molo foraneo (lungo 275 m e orientato per SW) banchinato e munito di bitte e anelli da ormeggio e da una banchina di riva lungo la quale è stato realizzato un sottobanchinamento per l'ormeggio di imbarcazioni da diporto, lungo 120 m, a partire dalla radice del molo foraneo verso ovest. La parte esterna del molo è riservata alle navi traghetto.