La sede museale, realizzata negli anni '60, nasce da una equilibrata fusione fra i nuovi corpi di fabbrica progettati per il museo e le strutture restaurate e riattate del trecentesco Convento di S.Nicola, dove hanno trovato sede la biblioteca, la sala congressi e l'auditorium.

Il museo illustra la storia di Agrigento antica e del territorio storicamente ad essa connesso, dalla preistoria alla fase di ellenizzazione.

Le collezioni. Il nucleo più antico proviene dal Museo Civico, nel quale erano confluiti i reperti degli scavi condotti nei primi decenni del nostro secolo. Altro materiale è stato ceduto dai musei archeologici di Palermo e di Siracusa.
La parte più rilevante delle collezioni è però costituita dai materiali rinvenuti nelle campagne di scavo condotte, fin dagli anni Quaranta, dalla Soprintendenza di Agrigento.

L'ordinamento, ad un tempo cronologico e topografico, si articola in due sezioni autonome e complementari ove l'esposizione dei reperti è sempre supportata da materiale documentativo.