Il suo nome ha origine dall'omonimo monastero benedettino del XII secolo. Il paese ha una storia antica; ne sono testimonianza i numerosi reperti archeologici rinvenuti nella zona, attribuiti ad insediamenti siculi, greci, romani, bizantini, arabi e normanni. Il comune di Santa Maria di Licodia è ricco di zone archeologiche: Pietra Pirciaria, con le tracce di cinta murarie, Luppino, Poggio dell'aquila, Mancuso, Mendorlito e Montalto civita. Recenti scavi hanno portato alla luce un villagio ellenico del VI secolo a.C. . L'odierna Santa Maria di Licodia nacque nell'agosto 1143, anno in cui Simone del Vasto, conte di Policastro e signore di Paternò, unitamente alla contessa Tommasa, affidarono il cenobio e la chiesa dedicata alla Vergine Maria di Licodia a Geremia, monaco benedettino della chiesa di Sant'Agata. Il conte diede facoltà ai monaci di fondare un casale, soggetto solo alla giurisdizione del priore del monastero di Licodia. Il diploma di infeudazione fu confermato da Guglielmo II, Re di Sicilia, nel 1168. Il monastero fu elevato ad abbazia nel 1205 dal vescovo catanese Ruggero Oco, che nominò frà Pietro Celio primo abate di perpetuo di Santa Maria di Licodia, dandogli anche facoltà di estendere ai suoi successori le insegne pontificali e pastorali. L'abbazia possedeva una biblioteca dove, nel XIV secolo, furono scritte, in siciliano, "le Costituzioni Benedettine". Con la riforma istituzionale del 1816, e la nascita del Regno delle due Sicilie, l'abitato perse la sua antica signoria monastica essendo stato aggregato a Paternò. Riottenne l'autonomia amministrativa nel 1840 con un decreto di Ferdinando II. I licodiesi della metà dell'Ottocento ebbero grandi capacità innovative: insieme ai paesi limitrofi valorizzarono i terreni della vallata del Simeto trasformandone le colture da estensive ad intensive. Rinomate ancora oggi le coltivazioni del "sanguinello" e del "moscato". Queste colture fecero di questa zona una delle più ricche dell'etneo.