L'Osservatorio Meteorologico e Geodinamico di Messina fu fondato nel 1876 presso l'Istituto Nautico. Sebbene lo scopo fosse quello di compiere osservazioni sismiche, nel breve periodo in cui la sede restò nel locale aggregato all'Istituto nautico, le mansioni dell'osservatorio furono legate all'attività di quest'ultimo: si trattava più che altro di rilevazioni meteorologiche e regolazione dei cronometri per le navi che arrivavano in porto.
Nel 1896, per decisione del Comune, fu costruita una sede più adatta sulla collina dell'Andria, località ritenuta idonea per le rilevazioni sismiche. I lavori di costruzione finirono nel 1902 e nel 1903 fu deciso di consegnare la gestione del nuovo osservatorio all'università, e affidarne la direzione al titolare della cattedra di fisica Terrestre. Nel 1904 l'osservatorio di Messina divenne l'Istituto di Fisica terrestre e di Meteorologia dell'Università. In quel periodo l'osservatorio disponeva di sismoscopi avvisatori di vario tipo e di un sismografo a due componenti sul modello di Agamennone. Successivamente, dopo il terremoto del 1905, fu installato un microsismografo Vicentini che iniziò il regolare funzionamento nel 1906.
Nel 1908 furono installati 2 pendoli orizzontali Mainka e un Wiechert da 200 kg, ma questi nuovi strumenti ebbero vita breve: il disastroso terremoto del 28 dicembre 1908 fece crollare un'ala dell'edificio distruggendo, tra l'atro, i due pendoli Mainka e danneggiando gravemente il Vicentini. Dopo il terribile terremoto la Commissione Reale presentò un progetto per realizzare in Calabria una rete di stazioni sismiche secondarie funzionanti sotto la direzione dell'osservatorio di Messina. Inoltre, durante la terza riunione della Commissione permanente della Associazione Sismologica Internazionale Luigi Palazzo aveva avanzato la proposta, poi rimasta senza seguito, di istituire fra gli osservatori di Messina, Catania e quelli della Calabria un servizio di "triangolazione sismica" con collegamento telegrafico per lo studio della velocità di propagazione delle onde sismiche.
Il microsismografo Vicentini fu riparato e le rilevazioni ripresero con regolarità. Nel 1912 furono acquistati 2 pendoli orizzontali Alfani e un pendolo orizzontale Conrad.
Nel 1947 l'Istituto Nazionale di Geofisica stipulò una convenzione in base alla quale questa sede divenne parte della rete geofisica italiana