Il Museo di Marsala si trova a Capo Boéo (punta estrema della Sicilia Occidentale), all'interno dell'area archeologica di Lilibeo e limitrofa al centro storico.

La sede museale è il Baglio Anselmi, una costruzione nata sui finire del secolo scorso come stabilimento vinicolo per la produzione del "Vino Marsala". Il baglio è costituito da corpi di fabbrica aperti su di un ampio cortile interno. Gli spazi espositivi del museo sono quelli dei due grandi magazzini del baglio, dove venivano stivate le botti.
- Lilibeo fu fondata intorno al 397 a.C. dai superstiti della vicina isola fenicia di Mozia, distrutta dal tiranno siracusano Dionisio. Essa divenne ben presto una inespugnabile base militare cartaginese riuscendo, grazie alle sue imponenti fortificazioni, a resistere all'assedio di Dionisio nel 368 a.C., e a quello di Pirro, nel 277 a.C. Nel corso della prima guerra punica, Lilibeo costituì per i Cartaginesi la base di difesa in Sicilia contro i Romani che riuscirono ad ottenerla soltanto a seguito della ratifica del trattato di pace, nel 241 a.C.. Il ruolo di testa di ponte verso l'Africa fu mantenuto anche nel corso della seconda guerra punica quando i Cartaginesi tentarono, invano, di rioccuparla.
- Sotto il dominio romano visse un periodo di prosperità economica, mantenendo il suo carattere di importante base navale. Diventata municipio in età augustea, Liibeo fu elevata al rango di colonia. Agli inizi del V sec., quando la città fu devastata dai Vandali, è documentata la presenza in essa di una comunità cristiana, essendo stata istituita, al tempo del Papa Zosimo, la diocesi di Lilibeo.
- Il museo è nato per la conservazione e l'esposizione del relitto della nave punica (metà III sec. a.C.) rinvenuto nel 1971 nel tratto di mare allargo dell'Isola Lunga, in prossimità di Punta Scario, all'imboccatura nord della Laguna dello Stagnone di Marsala.