Alcuni secoli prima del 1500, la città di Licata, che un tempo era situata sulla cima del monte Sant’Angelo, si stava sviluppando verso il mare, difesa dal castel San Giacomo, la storica fortezza Olumpiados, e da una sicura cinta muraria, in cui i suoi abitanti potessero dedicarsi alle attività marinare e commerciali. I licatesi, tradizionalmente molto religiosi, nei secoli passati frequentavano la romanica chiesa di “Santa Maria di Gesù” voluta dalla Beata Silvia, madre di Papa San Gregorio Magno e da lui fondata, per ospitarvi nel 580 d.C. una delle quattro comunità benedettine presenti in Sicilia e costruita sotto le pendici orientali del monte Sant’Angelo. Questa chiesa, che era il primo Duomo di Licata, fu il luogo centrale della vita religiosa dell’antica città.
Con il passare dei secoli la vecchia chiesa di Santa Maria non fu più in grado di accogliere i numerosi fedeli e perché ormai era periferica rispetto al centro della nuova città.Si decise così di costruire una nuova chiesa più grande, nella parte finale del Cassarello, odierno corso Vittorio Emanuele. La sua costruzione ebbe inizio nei primi del XVI sec. su disegno dell’architetto Pietro Palatino, che concepì la chiesa a struttura basilicale con tre navate e tre ingressi. La chiesa, di stile rinascimentale, fu inaugurata nel 1508, fu intitolata “Santa Maria La Nuova” per distinguerla dalla “Vetere”, nome con cui venne chiamata in seguito l’antica Chiesa di Santa Maria di Gesù, e fu dedicata alla Natività della Vergine, titolo attestato da due cartelle decorative poste una sull’arco trionfale della navata centrale e l’altra sulla porta centrale della chiesa.
Nel giorno della sua consacrazione sulla porta che conduce al campanile venne murata una lapide commemorativa dello storico evento che, dispersa, venne poi riprodotta.La chiesa è sempre stata al centro delle più importanti e solenni manifestazioni religiose e liturgiche della città ed anche della diocesi di Agrigento, nel corso dei secoli ha avuto diversi rifacimenti, ha subito molti danni e numerosi restauri, l’ultimo in ordine di tempo è stato l’incendio del 1988 e i successivi lavori di restauro che l’hanno fatta chiudere al culto per otto anni e riaperta con grande solennità il 31 maggio 1996.