Accanto al conveto di Cappuccini si apre la latomia dei Cappuccini, la più antica delle latomie siracusane. Il termine latomia deriva dal latino lithotomia che significa pietra tagliata. Dalle immense cave di pietra venne estratto il materiale per edificare le prime costruzioni della Siracusa antica. Gli storici ateniesi Diodoro Siculo e Tucidide ricordano che le latomie vennero utilizzate come prigioni per i 7.000 superstiti dell'esercito ateniese. La latomia dei Cappuccini oggi appartiene al Comune ed è chiusa da più di vent'anni perché pericolante. Nei giardini delle latomie vegeta una flora mediterranea ricca e piena di colore. Molte specie sono di antichissima origine, addirittura del terziario, passate indenni attraverso le glaciazioni. Vi sono due tipi di vegetazione, una spontanea ed una coltivata. Fra le forme spontanee si trovano: capperis spinosa,, campanula rupestris, fico d'India, fìcus, papaver rochas, rubus fruticosus, olea europea. Fra le forme coltivate vegetano: alloro, bouganvillea, carrubo, cipresso, palma, pino di Aleppo, punica granatum.