Il tophet di Mozia (60 m circa di lunghezza) si trova sulla costa settentrionale, nello spazio tra il mare e le mura. Restò in funzione probabilmente sin dalle origini dell'insediamento (VII secolo a.C., fino a dopo l'assedio siracusano, nel III secolo a.C.. In questi secoli si succedettero tre principali fasi.

Nella fase più antica il santuario occupava un area ristretta al centro, sul banco di roccia naturale: si conservano tre strati sovrapposti di urne, che giungono alla metà del VI secolo a.C.. Inizialmente (strato VII) le urne venivano deposte sulla roccia, a volte ricoperte da tumuli di pietre che possono presentare in rari casi una pietra ritta alla sommità. Le urne erano costituite da ceramica a impasto o da forme ceramiche greche o fenicie, ma di produzione locale. Nei due strati successivi le deposizioni si infittirono (strato VI) e iniziarono ad essere spesso racchiuse da lastre infisse nel terreno e segnalate con cippi o stele (strato V). In questa prima fase le strutture del santuario si limitarono a muri di recinzione o relativi a ripartizioni interne; un pozzo circolare era presente sul limite nord dell'area.

In una seconda fase il santuario venne ristrutturato, parallelamente alle altre opere di monumentalizzazione nella città (metà del VI secolo a.C.): l'area sacra fu estesa verso est, per le deposizioni, con opere di terrazzamento, e verso ovest con la costruzione di un piccolo tempio rettangolare (10 x 5 m) orientato in senso est-ovest. Un podio, forse un altare, si addossa al limite orientale. Altri piccoli edifici e un pozzo quadrato si trovano nella zona di servizio. Le deposizioni (strati IV e III)sono numerose, con stele e cippi di grandi dimensioni, con iscrizioni e raffigurazioni simboliche o antropomorfe, che furono riutilizzate in successive opere di terrazzamento. Negli strati I e II sono presenti solo le urne.

Dopo la distruzione dovuta alle vicende della breve conquista siracusana il santuario fu risistemato: le fondazioni del tempio furono utilizzate per lo scarico di terracotte votive (statuette al tornio o a stampo) e un altro piccolo deposito si trova sul limite settentrionale. Il rialzamento dei muri di terrazzamento inglobò le stele delle fasi precedenti e frammenti architettonici. Ad est e ad ovest dell'area sacra furono inoltre realizzati camminamenti in acciottolato.