Il Lago di Ganzirri è una formazione idrologica che appartiene, assieme al Lago di Faro alla duna costiera di Capo Peloro, nell'area urbana di Messina. È anche detto Pantano Grande.

Il Lago Ganzirri si estendeva in passato per una superficie inferiore di 1/3 rispetto all’area ricoperta oggi. Ha oggi forma allungata nel senso SO-NE e si estende per una superficie di 338,400 m², misura una larghezza massima di 252 m, una lunghezza di 1670 m e raggiunge la profondità di 6,5 m. La sua profondità massima è di 6,5 m e il suo volume medio stimato è di circa 975000 m³.

Dal punto di vista batimetrico il Lago di Ganzirri è attualmente diviso in due bacini, il più settentrionale dei quali, che non raggiunge la profondità di 2 m, è fortemente caratterizzato dalla presenza di Chaetomorpha linum, ed è sede ogni anno di imponenti fenomeni di eutrofizzazione, tanto da rendere spesso necessaria la rimozione manuale dell'enorme massa macroalgale in decomposizione.

La salinità delle acque del Lago di Ganzirri varia in media tra 29 e 34. Per la sua posizione, infatti, il Lago di Ganzirri raccoglie buona parte delle acque freatiche superficiali e di quelle provenienti dai corsi d’acqua a carattere torrentizio che insistono ancora oggi sulla zona. A causa dell’elevato rapporto superficie/volume le variazioni di salinità e di temperatura indotte dalle condizioni meteoclimatiche sono cospicue. Il rapporto tra l’estensione del lago, la scarsa quantità d’acqua contenuta, l’elevato apporto di acque freatiche e la presenza di sorgive, fa comunque sì che i livelli di salinità siano meno elevati rispetto a quelli rilevati nel Lago di Faro. La temperatura varia tra valori medi di 12°C in febbraio e 30°C in luglio.

È collegato al mare da due canali: il canale Catuso, coperto, ed il canale Carmine o canale Due Torri, scoperto. I predetti canali vengono aperti saltuariamente per ossigenare le acque soprattutto nel periodo estivo, quando le temperature sono molto elevate. L’apertura dei canali va fatta nei tempi giusti ed in modo graduale per evitare che l’idrogeno solforato, prodotto dal batterio “Desulfovibrio Desulfuricans” emerga distruggendo la fauna ittica presente nel lago, come sembra da studi degli ultimi decenni che sia avvenuto in diversi fenomeni di moria collettiva.

L’aspetto più affascinante sta nella particolare conformazione geologica dello stesso: dai parametri rilevati sull’andamento di costa e fondale risulta che la conca lacustre si estende lungo i primi 1130 m mentre i restanti 490 m sono da considerarsi parte integrante del Lago Madonna di Trapani.

Il sottilissimo strato d’acqua presente nel tratto a circa 1100 m a NE da Ganzirri inibisce la comunicazione tra le due aree che risultano avere caratteristiche chimico-fisiche differenti. Si può quindi sostenere che il lago Ganzirri presenta due Biotopi coesistenti nello stesso specchio d’acqua. Le suddette valutazioni portano alla conclusione che il Lago Madonna di Trapani continua a sopravvivere come appendice dell’attuale Lago Ganzirri (osservandolo attentamente dalla zona Due Torri si può facilmente intuire l’ipotetica linea di demarcazione dei due laghi, anticamente attigui).