Il complesso militare, a pianta quadrata di 62 metri per lato e otto torri ,pare fosse stato costruito su un preesistente rudere di torre di avvistamento di età normanna. Si presenta con tutta la sua mole sull'estremità nord dell'isola. Le quattro torri squadrate a centro di ogni lato erano a Est e Ovest di pianta rettangolare e a Nord e Sud di pianta poligonale. Con il diploma di Melfi del 1231 si ebbe l'ufficialità della nascita di Augusta, infatti nel documento si precisavano i confini del territorio augustano "da Scala Greca alla Targia, a Belvedere,ai monti Climiti, alla contrada Sangiorgio, al Mulinello, alla contrada Carrubba, a Roccadia al fiume San Leonardo, fino al mare "La penisola stretta e lunga divideva due insenature naturali, si presentava con una vegetazione di palme e con acque costiere acquitrinose da cui veniva il nome di "mare mortum". L'imperatore, soprannominato "Stupor Mundi", dopo aver studiato in alcune visite sul luogo,pensò che il posto fosse ideale per costruirvi una fortezza che doveva essere un caposaldo strategico di mare e di terra. Dalla costruzione che ebbe inizio nel 1232 per terminare nel 1242, il castello divenne il fulcro della vita della città, fu in esso e da esso che presero a svolgersi tutte le vicende storiche di Augusta. Nel 1250, morto Federico II, la fortezza fu interessata da vicende secondarie fino al 1269 quando avvenne l'incoronazione di Carlo D'Angiò che in pratica segnó la fine inesorabile della dominazione Sveva.
Augusta, come tante città siciliane,rimase antifrancese subendo l'ira dei D'Angiò che come risposta inviarono un feroce drappello di soldati che con feroce determinazione fecero conoscere la durezza del loro regno,non fu risparmiata neanche la popolazione ,la città fu saccheggiate e semidistrutta. Quando nel marzo 1282 scoppiarono i "Vespri Siciliani" e gli Angioni dovettero fuggire i siciliani acclamarono Pietro III d'Aragona come erede legittimo della casa di Svevia. Le città siciliane, tra cui Augusta, liberate dalla dominazione angioina iniziarono a prosperare. Ma gli angioini erano duri a mollare e sfruttando l'aiuto di qualche nobile insoddisfatto, con l'intrigo cercavano a tutti i costi di tornare. Nel marzo del 1287 la flotta angioina partì da Brindisi e dopo un assedio durato qualche settimana riuscirono ad espugnare la fortezza. Intanto Giacomo II, succeduto a Pietro II, inviò la flotta aragonese ma dopo ripetuti tentativi non riuscì ad avere ragione della guarnizione del castello. Il re in persona giunse ad Augusta, l'assedio durò più di quaranta giorni, furono messe in campo nuove macchine da guerra, come le torrette mobili, ma alla fine gli angioini furono sconfitti per sete e fame. Le casate si alternarono, angioini ed aragonesi, con continui scontri armati per mare e per terra, gli abitanti di Augusta per paura di questi continui assedi iniziarono ad abbandonare la città. Nel 1400 il castello e la città uscirono di scena, conobbero un periodo di declassamento, fino a quando il nuovo re Ferdinando di Castiglia vendette la città a Don Diego Sandonal e questi a sua volta la scambiò con la contea castigliana di Castro, cedendola al re Giovanni di Navarra. Continuò cosi l'involuzione storica del Castello, mentre molte calamità si addensavano su Augusta.
Il Castello con la sua solenne mole era spettatore silenzioso delle vicende storiche della città, iniziarono le scorrerie dei pirati a cui si aggiunsero le visite delle flotte Ottomane che completarono la distruzione del territorio, con saccheggi e incendi. I Conti che in quel periodo comandavano sulla città cercarono in tutti i modi di rafforzare e consolidare l'assetto militare della fortezza, ma i turchi trovavano sempre un approdo lungo la costa dove approdare e aggirare le difese. A queste distruzioni per opera dei saraceni si aggiunse il 30 Novembre 1541 un terremoto che ridusse in macerie la città che fu abbandonata. Il Castello rimase intatto al suo posto senza subire grossi danni. Qualche anno dopo il vicerè Veda faceva costruire in zona Terravecchia una torretta per l'avvistamento delle navi che si approssimavano alla rada. Ma purtroppo le scorribande continuarono, gli infedeli sbarcavano indisturbati e razziavano tutto ciò che trovavano sulla loro strada. Nel 1567 Augusta venne richiamata al regio demanio e il Castello tornò ad essere dimora dei reggenti che si susseguirono. Nel 1570, infine, il vicerè Ferdinando Avolos ordinò l'edificazione dell'omonima Torre su cui fece installare una lanterna per segnalare l'approdo ai naviganti. Si completò così la costruzione di a mare una serie di fortificazioni che inserite nei punti cruciali della penisola avrebbero reso più difficili le invasioni dal mare. Nei primi anni del 1600 Augusta visse serenamente e il castello fu ulteriormente fortificato, avvenne anche il taglio dell'istmo e la città quindi passò a diventare l'isola che è attualmente, furono costruiti due ponti levatoi che contribuirono ad aumentare la sicurezza. Con la rivolta di Napoli ad opera di Masaniello anche nelle città siciliane aumentò il malcontento contro gli spagnoli. Intanto ad Augusta si erano trasferiti i Cavalieri di San Giovanni di Malta, con le loro navi, i quali costruirono caserme, magazzini e forni per la cottura del pane. La seconda metà del XVI secolofu teatro di gravi sciagure:una pestilenza, la carestia sempre in agguato e infine il terribile terremoto del 1693 che rase interamente al suolo la città. L'unico episodio di rilievo che riguardò il castello accadde intorno al 1675 quando un drappello di francesi si impossessò della fortezza stabilendosi sull'isola. Gli spagnoli inviarono subito la flotta per liberare la città e il 22 aprile 1676 a largo della rada si svolse una delle battaglie navali passate alla storia. Tutto si svolse nello specchio di mare di fronte al Castello con un nulla di fatto, perchè le due forze navali ne uscirono entrambi malconce. Re Luigi XIV infatti non riuscì ad impadronirsi della Sicilia ne allora ne mai, infatti la flotta francese nel 1678 ritornò in patria.